İzmir Cumhuriyet Savcısı Berkant Karakaya tarafından hazırlanan ve İzmir 2. Ağır Ceza Mahkemesince kabul edilen iddianamede, Brunson hakkında "örgüte üye olmamakla birlikte örgüt adına suç işlediği" gerekçesiyle 15, "devletin gizli kalması gereken bilgileri siyasal veya askeri casusluk amacıyla temin etmek" suçlamasıyla 20 yıla kadar olmak üzere 35 yıl hapis cezası isteniyor.
Misyonerlik faaliyeti görüntüsü altında illegal faaliyette bulunan yabancı kaynaklı bazı oluşumlar ile FETÖ/PDY arasındaki benzerlikler mukayese edilen iddianamede, örgüt mensuplarının diğer yabancı unsurlarda olduğu gibi kendilerini "hizmet hareketi" olarak adlandırarak, kazançlarının yüzde 10'unu "himmet parası" adı altında sorgusuzca ödemelerine, yapılanma içerisinde değişik ülkelerde okullar açmalarına, örgüt üyelerinin örgüte ve okullara ekonomik destek vermesine, okullardaki öğretmenlerin az bir maaş karşılığında çalıştırılmalarına dikkati çekildi.
İddianamede, FETÖ'nün "dinlerarası diyalog" adı altında karşılaştığı her türlü problemi illegal bu oluşumlar vasıtasıyla, illegal bu oluşumların da Türkiye'de yaşadığı problemleri FETÖ vasıtasıyla çözdükleri, kuruluş, amaç, işleyiş ve hiyerarşik yapılarını aynı güçlere bağlı olarak oluşturdukları ve yürüttükleri belirtildi.
FETÖ ile PKK'nın benzer bir şekilde hareket ettikleri vurgulanan iddianamede, şu ifadeler kullanıldı:
"PKK'nın nihai amacının da toplumda kaos ve tedirginlik oluşturacak, devlet otoritesine olan güveni sarsacak, kamu düzenini, toplum barışını bozarak devletin ülkesi, milleti ve egemenliği bakımından somut tehlike meydana getirecek yoğunluk ve ciddiyette eylemler icra etmeyi planlayarak, Türkiye'nin hakimiyeti altındaki topraklardan bir kısmını silahlı mücadele vererek, devlet idaresinden ayırıp bu bölgede Marksist-Leninist ilkelere dayalı bir etnik yapıya dayanan devlet kurmak olduğu anlaşılmıştır."
İddianamede, Brunson'un FETÖ ve PKK ile aynı paralelde ve koordineli bir şekilde hareket ettiği, Türkiye'nin birkaç parçaya bölünmesini, bir kısmının PKK idaresine, bir kısmının ise FETÖ idaresine verilmesini, uzun vadede belli etnik kökene sahip olanların Hristiyanlaştırılmasını araç kılmak suretiyle bölmeyi ve ayrıştırmayı amaçlayan bir yapılanma içinde faaliyet gösterdiği iddiasında bulunularak, şunlar aktarıldı:
Andrew Craig Brunson, 9 Aralık 2016'da terör örgütleri FETÖ ve PKK adına suç işlediği iddiasıyla tutuklanmıştı.