Fatih Sultan Mehmet’in 1461 yılında Trabzon’u fethinin ardından camiye dönüştürülen Ayasofya Camii, 1958-1962 yılları arasında Vakıflar Genel Müdürlüğü ve Edinburg Üniversitesinin işbirliği ile restore çalışmalarının ardından 1964 yılından sonra müze olarak hizmet vermeye başladı. Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından Ayasofya’nın müze olarak değil de cami olarak hizmet vermesi için açılan dava 2012 yılında sonuçlanarak, freskleri asma tavan ve perdelerle kapatılan Ayasofya 28 Haziran 2013 tarihinde uzun yıllardan sonra ilk kez namazın kılınmasıyla ibadete açılmıştı.İhalesi yapıldı 1 ay içinde çalışmalara başlanılacak.
56 yıldır restorasyon yapılmadan ayakta duran Ayasofya Camii, uzun yılların ardından yaklaşık 1 ay sonra çevre düzenlenmesi ve restore çalışmalarına başlanılacak.Vakıflar Genel Müdürlüğü, freskler için uygun bir çözüm üreterek hat levhaları ve tablolar koyarak freskleri kapatmayı düşünerek en az müdahale mantığıyla restorasyon projesini tamamlayacak. Ayasofya Camii’nin yapı sağlığının sürekli olarak izlenmesi adına esere yerleştirilecek ivmeölçerler yardımıyla gerçek zamanlı titreşim kayıtlarının alınması ve oluşacak değişikliklerin izlenerek hasarların büyümeden önlemlerinin alınması hedefleniyor. Planlanan bu sistem, bölgedeki tarihi eserlerdeki ilk uygulamaları olma özelliğini taşıyacak. Restorasyon sürecinde yapının kısmen de olsa ziyarete açık tutulmasının amaçlandığı belirtildi.
Yapı, Trabzon İmparatorluğu’nu kuran Komnenos ailesinden Kral I. Manuel tarafından 1250-1260 yılları arasında yaptırıldı. Bir manastır kilisesi olan ve ’Kutsal Bilgelik’ anlamına gelen Ayasofya, Fatih Sultan Mehmet Han’ın 1461 yılında Trabzon’u fethinden sonraki yıllarda bir minber ve müezzin mahfili eklenerek camiye dönüştürüldü.
I. Dünya Savaşı sırasında Trabzon’u işgal eden Rus ordusu tarafından depo ve askeri hastane olarak kullanılan yapı, savaş sonrasından 1959 yılına dek cami olarak kullanıldı.1959-1964 yılları arasında Vakıflar Genel Müdürlüğü ve Edinburgh Üniversitesinin ortak çalışmalarıyla restore edilen tarihi yapının freskleri ortaya çıkartıldı. 1964 yılında müze haline getirilen Ayasofya, 3 Haziran 2013 tarihinde Kültür Bakanlığı tarafından Vakıflar Genel Müdürlüğüne teslim edildi. Ardından mahkeme kararları ve vakıf kaydı dolayısıyla Ayasofya, 28 Haziran 2013 Cuma günü 49 yıl sonra yeniden müslümanların ibadetine açılmıştı.