ABD Dışişleri Bakanlığının 2009 Dini Özgürlükler Raporunda, Türkiye'de laik devleti koruma gerekçesiyle, İslami ve diğer dini grup- lara sınırlamalar getirildiği ve devlet kuruluşları ve üniversitelerde İslami ifadeye önemli kısıtlamalar koymaya devam edildiği belirtildi
ABD Dışişleri Bakanlığının 1 Temmuz 2008-30 Haziran 2009 tarihlerini kapsayan raporunda, dini özgürlüklere ilişkin "kayda değer ihlallerin" görüldüğü belirtilen ülkeler arasında Türkiye'nin de adı yer aldı. Raporun Türkiye bölümünde, "anayasanın din özgürlüğünü öngördüğü, diğer yasa ve siyasetlerin de dinin genelde serbestçe uygulanmasına katkı sağladığı, ancak 'laik devleti' koruma gerekçesiyle, İslami ve diğer dini gruplara sınırlamalar getirildiği ve devlet kuruluşları ve üniversitelerde İslami ifadeye önemli kısıtlamalar koymaya devam edildiği belirtildi. Raporun Türkiye bölümünde, kamu binaları ve üniversitelerde uygulanan başörtüsü yasağı ve AK Parti'ye açılan kapatma davasına da yer verildi.
Dışişleri Bakanı Hillary Clinton, rapor dolayısıyla dini özgürlüklerin önemine değinen kısa bir konuşma yaptı. Clinton'dan sonra konuşan ABD Dışişleri Bakanlığı'nın Demokrasi, İnsan Hakları ve İşgücünden Sorumlu Bakan Yardımcısı Posner, bir soru üzerine başörtüsü sorununa ilişkin konuştu. Posner, "Raporda, Türkiye'deki başörtüsü yasağının kaldırılması mı isteniyor?" şeklindeki soruyu, "Bizim dediğimiz, bunun insanların dini kimliklerini ifade etmedeki sorunlardan biri olduğudur. Genel olarak, bizim niyetimiz ve umudumuz, toplum kesimlerinin insanlara dini tutum ve inançlarını şiddete başvurmadan ifade etmelerine izin verilmesinin bir yolunun bulunmasıdır. Raporda dikkat çekilen kısım, genel anlamda, hükümetlerin, şiddet dışı dini sembollerin temsil edilmesi konusunda sorunlara yeniden gözatmaları, insanları cesaretlendirerek böyle kararları kendilerinin vermesine müsaade etmeleridir" şeklinde cevaplandırdı.
Dini azınlıkların, inançlarından dolayı devlet kurumlarında kariyer yapmalarının fiilen engellendiğini söyleyen İnsan Hakları ve İşgücünden Sorumlu Bakan Yardımcısı Posner, dini azınlık grupları da, ibadetlerinde, devlete kayıt yaptırmada ve dindaşlarını eğitmede zorluklarla karşılaştılar." denildi.
"Dini eğilim, inanç ve ibadete ilişkin toplumsal kötü muamele ve ayrımcılığa dair haberlerin yayınlandığına" işaret edilen raporda, "Müslüman olmayanlara yönelik tehditlerin, bir baskı atmosferine yol açtığı ve Müslüman olmayan bazı toplulukların özgürlüğünü azalttığı" kaydedildi. AK Parti'ye açılan kapatma davasına da yer verilen raporda, ayrıca ordu, yargı ve bürokrasideki bazı kişilerin aşırı İslamcı olarak gördükleri şeye karşı kampanya yürüttüğü kaydedildi. Rum Ortodoks kiliselerinin yönetimine önemli kısıtlamalar getirildiği iddia edilen raporda, Rum Ortodoks Patriği ekümenik olarak tanımlanarak Türk hükümetin bunu tanımadığı vurgulandı. Raporda, ayrıca Heybeli Ada Ruhban okulunun yeniden açılması da istendi.
Başörtüsü sorununa da yer verilen raporda, devlet memurları ve öğrencilerin kamu binaları ve üniversitelere başörtüsü ile giremediği ifade edilerek, "Başörtüsü takan kadınlar ve yasağa meydan okumada onlara aktif destek verenler, ya disiplin cezalarına çarptırıldılar ya da hemşire ve öğretmen olarak kamu sektöründe işlerini kaybettiler. Aynı zamanda, bakanlıklarda, müdürlerince İslami ibadete yeterince riayet etmedikleri düşünülen çalışanların ayrımcılığa maruz kaldığı yönünde doğrulanmamış haberler yayımlandı" denildi. Ayrıca Gazze saldırıları sonrası Türkiye'de Yahudi karşıtlığının arttığı da belirtildi.
