Plus de 1.000 personnes se trouvaient à bord du Hazara Express lorsque les wagons sont sortis de leurs rails près de la gare de Sahara, non loin de la ville de Nawabshah, dans la province méridionale du Sind.
Le rapport final est encore attendu, mais il n'y a pas eu de sabotage.
Mardi, le ministre avait déclaré devant l'Assemblée nationale que deux facteurs avaient contribué à l'accident.
Deux roues bloquées, situées derrière la locomotive, ont été graissées avant le départ du train au lieu que le wagon soit remplacé.
L'autre facteur était un défaut dans la plaque supérieure de la voie ferrée qui a aggravé le problème.
Certains habitants, qui avaient prodigué les premiers secours aux victimes, avaient dit à l'AFP que la voie avait été affectée par les inondations de l'année dernière, mais le ministre a assuré ce week-end qu'aucune défaillance liée aux pluies de mousson n'avait été signalée.
Ce réseau, qui a fait la fierté des Britanniques à l'époque coloniale, comporte encore des voies, des jonctions et des ponts datant de plus de 150 ans, mais sa modernisation est en cours dans le cadre du gigantesque corridor économique Chine-Pakistan.