Un demi-million de communistes et de sympathisants ont été tués en 1965 et 1966 dans des massacres orchestrés au moment de l'arrivée au pouvoir du dictateur Suharto, un opposant résolu au communisme.
Les tueries ont débouché sur la disparition du parti communiste indonésien, aujourd'hui interdit, qui était alors l'un des plus importants au monde après ceux de la Chine et l'Union soviétique.
Le président a aussi mentionné l'assassinat et l'enlèvement de dizaines d'étudiants et activistes en 1997 et en 1998 jusqu'aux manifestations de masse qui ont débouché sur le départ de Suharto après trois décennies au pouvoir.
Joko Widodo a détaillé une liste de dix autres épisodes de violations flagrantes des droits de l'homme entre les années 1960 et les années 2000, avant son arrivée à la présidence, selon les résultats d'une commission d'enquête qu'il a mise en place l'an dernier.
Le président a aussi reconnu des violations des droits de l'homme en Papouasie, province indonésienne en proie à une rébellion indépendantiste. Il a cité notamment une opération de 2003 de la police et de l'armée à Wamena qui a fait des dizaines de morts parmi les civils et lors de laquelle des membres des forces de sécurité ont été accusés de meurtres, tortures et enlèvements.
Les organisations de défense des droits de l'homme ont estimé cependant que les regrets exprimés par le président indonésien, comme plusieurs dirigeants avant lui, n'allaient pas assez loin.