Mevlana Müzesi’ndeki, UNESCO tarafından Mevlana Celaleddin-i Rumi’nin kitaplarının en eski el yazması nüshaları olarak kabul edilen eserlere, özel koruma yöntemleri uygulanıyor. Müze, Mevlana’nın “Mesnevi”, “Divan-ı Şems”, “Fihi Ma Fih”, “Mecalis-i Seb’a” ve “Mektubat” eserlerinin korunduğu, Türkiye’deki nadir el yazması koleksiyonlarından birine ev sahipliği yapıyor. Yazmaların bulunduğu bölümlerde sıcaklık ve nem dengesi sürekli ölçülerek kontrol altında tutulurken, iklimlendirme sistemleriyle ortam koşulları sabit tutuluyor. El yazması eserlerin mikrobik oluşumlardan etkilenmemesi, kâğıt, mürekkep ve cilt yapısının bozulmaması için uluslararası standartlara uygun koruma yöntemleri uygulanıyor. Yangın riskine karşı da özel önlemlerin alındığı müzede, yazmaların bulunduğu bölümlerde su yerine gazlı söndürme sistemleri tercih ediliyor.