Akhundov, 2014 yılında Akkuyu Nükleer Santralı’nın genel müdürlüğüne getirildi. İki yıl görevde kaldıktan sonra 2016 Nisan’da Akkuyu’nun hisse satışıyla ilgili görüşmelerde bulunmak amacıyla genel müdürlük görevini bıraktı.
2016’dan itibaren de Akkuyu Nükleer Anonim Şirketi’nde yönetim kurulu üyeliği yapıyordu. Konuya yakın kaynaklar Akhundov’un misyonunun finansal problem çözmek, ortaklık görüşmelerini yürütmek olduğunu belirtirken, alınan son kararla artık şirketle ilgisinin kalmadığını dile getirdiler.
Hürriyet'in haberine göre; Kulislerde, Akhundov’un Rosatom’da bir başka göreve getirilebileceği konuşuluyor. Geçen yıl haziranda Rosatom ile Akkuyu santralının yüzde 49’luk hissesinin devir görüşmelerine başlayan Cengiz-Kolin-Kalyon (CKK) konsorsiyumunun yaklaşık 15 gün önce ortaklıktan çekilme kararı aldığı anlaşılmıştı.
Akkuyu’da Kolin ve Kalyon yerine Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı’na bağlı Elektrik Üretim AŞ’nın (EÜAŞ) ortak olacağı yönünde iddialar gündeme gelmişti. Rosatom kaynaklı bazı haberlerde de CKK konsorsiyum ortaklarından Cengiz İnşaat’ın görüşmelere devam ettiği ileri sürülmüştü.