Les corps calcinés des victimes ont été retrouvés jeudi matin dans un véhicule incendié dans l'Etat du Haryana (nord), un jour après leur disparition.
Le ministre en chef du Rajasthan, Ashok Gehlot, a condamné le double meurtre sur Twitter et affirmé que des mesures fermes seraient prises contre les personnes incriminées.
Les familles des deux hommes, originaires de l'Etat du Rajasthan (nord-ouest), ont déposé plainte et cité nommément cinq hommes appartenant à l'organisation nationaliste hindoue Bajrang Dal.
Selon un communiqué de la police du Rajasthan, l'homme interpellé est un chauffeur de taxi impliqué au sein de groupes de protection des vaches.
En Inde, le nombre de ces milices patrouillant sur les autoroutes pour empêcher le transport des bovins au-delà des frontières des Etats a proliféré depuis l'accession de Narendra Modi au poste de Premier ministre en 2014.
Des détracteurs du gouvernement de M. Modi l'accusent de fermer les yeux sur les agressions de membres de la minorité musulmane au nom de la protection des ruminants.
Le Rajasthan et le Haryana comptent parmi les nombreux Etats indiens qui interdisent l'abattage des vaches. Les autorités exigent également que toute personne transportant ces animaux au-delà des frontières des Etats ait un permis.