En 2019, le Conseil d'Etat turc avait ordonné sa reconversion en mosquée. Le président Erdogan, par décret présidentiel, avait ensuite acté la transformation du musée en mosquée durant l'été 2020, un mois après la réouverture au culte musulman de la mosquée Ayasofya.
Construit par les Byzantins au 5ème siècle, le bâtiment était à l'origine une église connue sous le nom de Saint-Sauveur-in-Chora, Kariye, en turc. Après le conquête de Constantinople par les Ottomans en 1453, le bâtiment continua d'être utilisé comme église jusqu'en 1511. A cette date, un des grands vizirs du Sultan Bayezid II le convertit en mosquée, ajoutant un minaret à l'édifice ainsi qu'une madrassa qui disparut au début du XXe siècle.
Outre son histoire millénaire rivalisant avec celle d'Ayasofya, la mosquée de la Chora est surtout connue pour ses magnifiques mosaïques et fresques datant de l'époque byzantine.
