Salvador Gonzalez Guerrero, qui dirigeait l'Institut national des migrations (INM) dans l'Etat de Chihuahua, dans le nord du pays, avait été arrêté le 16 avril à Ciudad Juarez. C'est dans cette ville frontalière des Etats-Unis que s'était produit le drame dans la nuit du 27 au 28 mars.
Le magistrat a ordonné son maintien en détention provisoire.
Les autorités mexicaines estiment que l'incendie a été provoqué par un migrant qui a mis le feu à un matelas dans la cellule qu'il partageait avec 67 autres hommes pour protester contre une possible expulsion.
Les images des caméras de sécurité ont montré qu'une fois l'incendie déclaré, ni le personnel des services d'immigration ni les agents de sécurité ne sont venus en aide aux migrants enfermés dans leur cellule au départ du feu.
Trente-neuf d'entre eux sont morts par asphyxie sur place et un autre est décédé à l'hôpital.
Le commissaire et plus haut responsable de l'INM, Francisco Garduño, a également été cité dans l'enquête du parquet. Toujours en liberté. il doit comparaître mardi devant un magistrat.