Après le décompte de plus de deux tiers des voix, M. Muizzu est crédité de 53,61% des voix, face au président sortant pro-indien Ibrahim Mohamed Solih.
Les résultats définitifs sont attendus plus tard samedi ou tôt dimanche.
L'archipel occupe également une place stratégique : il se situe sur l'une des routes maritimes les plus fréquentées du monde, dans une zone géographique très convoitée.
Le président sortant Ibrahim Mohamed Solih brigue un second mandat après avoir travaillé pour améliorer les relations tendues avec New Delhi, le bienfaiteur traditionnel de la nation de l'archipel.
Quand il était au gouvernement de M. Yameen, M. Muizzu, 45 ans, actuellement maire de Malé, a été le fer de lance d'un projet de pont financé par la Chine, pour un coût de 200 millions de dollars, reliant la capitale au principal aéroport du pays.
Le scrutin s'est achevé à 17h00 (12H00 GMT) et les résultats sont attendus tard samedi ou tôt dimanche.
M. Solih n'avait jamais occupé de haute fonction avant sa victoire surprise à la présidence en 2018, succédant à M. Yameen qui purge une peine de 11 ans de prison pour corruption et blanchiment.
Le virage du gouvernement de M. Yameen au profit de Pékin avait alarmé New Delhi, qui partage les inquiétudes occidentales face à l'affirmation croissante de la Chine dans l'océan Indien.
L'Inde est membre de l'alliance stratégique Quad aux côtés des Etats-Unis, de l'Australie et du Japon, destinée à contrer Pékin en Asie-Pacifique.
A son arrivée au pouvoir, M. Solih a rapidement agi pour rétablir les relations de l'archipel avec New Delhi, en invitant le Premier ministre indien Narendra Modi à assister à son investiture et en permettant de renforcer sa petite présence militaire.
A la suite du premier tour, le président sortant a cherché à rallier des soutiens en faisant campagne sur des questions locales telles que le logement.
Le parti de M. Muizzu a, lui, centré le débat sur la diplomatie en critiquant le rapprochement de M. Solih avec l'Inde, un pays au poids politique et économique démesuré aux Maldives et objet d'une ancienne désaffection.
Sa formation du PPM et des groupes militants ont régulièrement organisé des manifestations exigeant une réduction de l'influence indienne dans la nation musulmane.
La colère contre l'Inde reflète en partie la frustration de la population face à la corruption perçue ou réelle de l'administration du président sortant, estime M. Shaheed, ajoutant que la stabilité du prochain gouvernement dépendra de sa capacité à éviter de contrarier l'un ou l'autre des deux géants asiatiques.
Le prochain président devra trouver un équilibre les intérêts de l'Inde et de la Chine.
Les alliés de M. Muizzu affirment que son élection contribuerait à débarrasser le pays de toute ingérence étrangère.
M. Muizzu a pourtant ouvertement fait part de ses projets de suivre la ligne pro-Pékin de son mentor Yameen.