Lukas Enembe, 55 ans, est soupçonné d'avoir accordé des contrats d'un montant de plus de 40 milliards de roupies (2,57 millions de dollars) entre 2019 et 2021 pour des projets de construction à une compagnie sans expérience dans le secteur.
En septembre, il a été accusé d'avoir reçu un pot-de-vin de plus d'un milliard de roupies de cette compagnie mais n'a pas répondu aux convocations de l'agence anti-corruption à Jakarta, invoquant des problèmes de santé.
Le responsable a été arrêté dans un restaurant mardi matin, a précisé le porte-parole interrogé par une chaîne de télévision.
Les avocats de Lukas Enembe, gouverneur d'ethnie papoue, à la tête depuis 2013 de la province riche en matières premières, ont rejeté les accusations à son encontre.
Les médias locaux ont publié des images le montrant embarquer dans un petit avion après son arrestation à Jayapura, la capitale de Papouasie.
La province indonésienne, dont les habitants sont parmi les plus pauvres du pays, reçoit d'importants financements publics.
En septembre, l'agence indonésienne chargée du renseignement sur les flux financiers (PPATK) a indiqué avoir établi que le gouverneur avait dépensé quelque 560 milliards de roupies (36 millions de dollars) dans des casinos de plusieurs pays de la région. L'agence anti-corruption enquête sur ces informations.
Ancienne colonie néerlandaise, la Papouasie s'est déclarée indépendante en 1961, mais l'Indonésie voisine a pris le contrôle de la région deux ans plus tard, après un référendum sur l'indépendance largement considéré comme un simulacre.