Ce "décasage" a commencé vers 07H30 locales (04H30 GMT) dans le quartier de Majicavo, sur la commune de Koungou (nord).
Cette opération, qui vise à réduire l'habitat insalubre et à expulser les migrants en situation irrégulière, pour la plupart venus de l'archipel voisin des Comores, était quasiment au point mort depuis son lancement il y a près d'un mois.
Prévue initialement le 25 avril, la démolition de l'important bidonville baptisé Talus 2 avait été suspendue par le tribunal administratif, avant que deux nouvelles décisions de justice ne donnent raison à l'État, la dernière datant de mercredi.
Tôt lundi matin, des gendarmes équipés de pieds de biche sont entrés dans les habitations pour vérifier que personne ne se trouvait à l'intérieur avant le début des démolitions, selon des journalistes de l'AFP. L'électricité et l'eau ont été coupées.
"Wuambushu" est dénoncée comme "brutale", "anti-pauvres" et violant les droits des migrants par des associations, mais soutenue par les élus et de nombreux habitants mahorais.
L'opération est l'objet d'un bras de fer entre Paris et Moroni qui a entraîné la suspension de la liaison maritime entre Mayotte et la proche île comorienne d'Anjouan pendant près de trois semaines. Les expulsions de sans-papiers comoriens ont pu reprendre mercredi dernier.
Sur les 350.000 habitants estimés de Mayotte, la moitié ne possède pas la nationalité française.