Des images satellites ont montré que Freddy, qui est en passe de devenir le cyclone le plus long jamais enregistré, a touché terre pour la deuxième fois près du port de Quelimane, dans l'est du pays, vers 22h00 (20h00 GMT).
Un risque élevé d'inondations est prévu pour la province de Zambezia et la province voisine de Nampula.
Les niveaux d'eau dans plusieurs bassins fluviaux étaient déjà supérieurs au niveau d'alerte, selon OCHA.
Le Fonds des Nations unies pour l'enfance, l'UNICEF, a précisé qu'il y avait déjà des inondations assez importantes.
"Des maisons ont été inondées, des gens ont pataugé dans l'eau jusqu'aux genoux. Et cela uniquement avec les premières pluies", a déclaré le porte-parole de l'UNICEF, Guy Taylor.
La tempête devrait déverser jusqu'à 400 millimètres de pluie au cours des prochains jours, soit plus du double des précipitations habituellement enregistrées au cours de ce mois.
Selon l'Organisation météorologique mondiale (OMM) des Nations unies, Freddy, qui s'est formé au large du nord-ouest de l'Australie au cours de la première semaine de février, allait devenir le cyclone tropical le plus long jamais enregistré.
Lors de son premier passage meurtrier, il a détruit, endommagé ou inondé plus de 28 000 habitations, affectant quelque 166 000 personnes.
Au total, Freddy a fait au moins 27 victimes, dont 10 au Mozambique et 17 à Madagascar.