Cette décision a été annoncée après une rencontre lundi entre le président ougandais Yoweri Museveni et l'ambassadeur nord-coréen Jong Tong Hak.
La Corée du Nord avait ouvert son ambassade un an plus tard alors que la communauté internationale avait mis à l'écart le dirigeant ougandais.
Après la prise de pouvoir de Museveni en 1986, Kampala et Pyongyang avaient signé des accords de coopération, la Corée du Nord fournissant armes, équipements militaires et formations aux forces de sécurité ougandaises.
Mais en mai 2016, l'Ouganda avait indiqué cesser cette coopération militaire après l'imposition par l'ONU de lourdes sanctions contre la Corée du Nord en raison de son programme nucléaire.