Des dizaines de milliers de migrants, principalement en provenance de Syrie, d'Afghanistan et du Pakistan, sont entrés en Grèce ces dernières années.
Les autorités grecques sont régulièrement accusées par des médias et ONG de défense des droits de l'Homme d'avoir procédé à des refoulements illégaux de migrants.
Ce naufrage a soulevé de nombreuses questions sur les responsabilités des autorités grecques.
Contacté par l'AFP, le ministère grec des Migrations n'avait pas encore réagi jeudi dans la matinée.
MSF a également évoqué des informations selon lesquelles des migrants ont été placés de force sur des radeaux de sauvetage et laissés à la dérive.
L'ONG a également déploré que les efforts de ses équipes pour apporter une assistance urgente aux personnes en détresse dans les îles grecques soient retardés par les contrôles des forces de l'ordre.